Il  assure, sous l'autorité directe du Ministre, la coordination, le fonctionnement et le contrôle des activités des Directions.

 Le Secrétaire Général est également chargé des relations avec le Conseil Supérieur de la Magistrature.

 Il est nommé par Décret pris en Conseil des Ministres.

Le Secrétaire Général a, sous le contrôle du Ministre, autorité et dispose du pouvoir hiérarchique sur les Directeurs qui lui sont directement rattachés.

Sous le contrôle du Secrétaire Général, les cinq Directions ci après énumérées ont pour  mission la mise en oeuvre et l'exécution des décisions du Ministre :

_ la Direction des Services Judiciaires

_ la Direction de l'Administration Pénitentiaire,

_ la Direction du Budget et du Personnel,

_ la Direction de la Législation et de la Réforme,

_ la Direction de la Communication, des nouvelles technologies et de la documentation.

_La direction des affaires arabes

Les  directeurs sont nommés par Décrets présidentiels.

La Direction des services judiciaires

 La Direction des services judiciaires est chargée :

• De l'organisation et du fonctionnement des services judiciaires,
• De la centralisation et de l'exploitation des données statistique provenant des juridictions,
• Du traitement et du suivi des réclamations en matière de nationalité,
• De relation avec le parquet pour tout ce qui concerne la préparation des lois d'amnistie et de l'instruction en matière de grâce.
• De l'étude des demandes de pourvoir d’ordre du Ministre,
• Du secrétariat du Conseil supérieur de la magistrature,

Elle est chargée aussi  de toutes questions relatives à la discipline des tribunaux et cours.  Elle connaît également du contrôle de l'action publique.

La Direction des services judiciaires comprend deux services :

• Le service des affaires pénales et criminelles,
• Et le service des affaires civiles et de grâce.

La Direction des affaires pénitentiaires

Elle  est chargée de l’Administration pénitentiaire. Elle initie les projets des textes dans ce domaine, contrôle la gestion des Etablissements et élabore le règlement intérieur. Elle assure par l'intermédiaire des Directeurs des établissements le bon fonctionnement des services. La Direction du personnel et du budget est chargée :

• De l'organisation administrative des services,
•  De la gestion du personnel,
•  De la préparation du suivi et de l'exécution ainsi que du contrôle du budget,
• De la gestion et de l'entretien du matériel et des immeubles affectés au Ministère,
• De la notation du personnel fonctionnaire et agents contractuels

La Direction du personnel et du budget comporte deux services :

• Le service du personnel chargé de la gestion des carrières du personnel, de la formation et du perfectionnement de l'application des dispositions statutaires et de la convention collective.

• Le service du matériel et du budget chargé de l'acquisition, de l'entretien des matériels, de la préparation du suivi, du contrôle et de l'exécution du budget.

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La Direction de la législation d'étude et de la réforme

Elle est chargée de l'étude des projets de réforme de la planification des actions à court, moyen et  long terme. Les activités de cette Direction sont menées horizontalement en collaboration avec les autres Directions et les Chefs de juridictions.

La Direction de la Communication, des nouvelles technologies et de la documentation

Elle est chargée :

• de la gestion, de la diffusion et du développement de l'information ;
• De la préparation et de la mise en oeuvre des plans d'action destinés àpromouvoir la communication et l'information relatives à la politique juridique et judiciaire du pays en procédant à l'étude,
• l'élaboration et le suivi d'un schéma Directeur de la communication et de l'information dans l'objectif de rendre compte de l'action du Gouvernement dans le domaine judiciaire ;
• De la documentation et des archives du Ministère ;
• De l'introduction et de la gestion des nouvelles technologies.

  La Direction de la Communication, des nouvelles technologies et de la Documentation comprend deux services :

• Le service de la communication et des nouvelles technologies,
• Le service de la documentation.

L'inspection générale des Services Judiciaires,

Elle  est dirigée par un inspecteur général, assisté d'inspecteurs judiciaires.

L'inspecteur général dispose d'un pouvoir général d'investigation, de vérification et de contrôle. Les inspecteurs disposent des mêmes pouvoirs qu'ils exercent sous l'autorité  de l'inspecteur général.

L'inspection générale des Services Judiciaires, est dirigée par un inspecteur général, assisté d'inspecteurs judiciaires.

L'inspecteur général dispose d'un pouvoir général d'investigation, de vérification et de contrôle. Les inspecteurs disposent des mêmes pouvoirs qu'ils exercent sous l'autorité de l'inspecteur général.

Les inspections portent sur le fonctionnement des juridictions et des organes qui en dépendent, notamment sur l'organisation, les méthodes et la manière de  servir des personnels, la qualité et le rendement des services, le respect des prescriptions légales et réglementaires, le rythme des juridictions, le rendement, la conduite et la tenue des magistrats et du personnel des greffes. Les dispositions de la présente Loi ne portent préjudice en aucune façon, au pouvoir juridictionnel des magistrats, dont le contrôle est réservé aux juridictions d'appel ou de cassation.

 En dehors du programme annuel, des missions particulières peuvent, en cours d'année être prescrites à l'inspection générale des Services Judicaires par le garde des sceaux, Ministre de la Justice.

  L'inspecteur général et les inspecteurs des Services Judiciaires agissant sous son autorité disposent pour accomplir leur mission, de tout pouvoird'investigation et de contrôle. Ils peuvent convoquer et entendre toute personne y compris tout magistrat, tout officier de policier judiciaire, tout officier ministériel, tout auxiliaire de justice et tout agent du Personnel de la Justice et se faire communiquer tout document utile.

  A la suite de chaque inspection, l'inspecteur général des Services Judiciaires nommé parmi les magistrats d'expérience du 1er grade, apprécie le fonctionnement des juridictions du point de vue notamment de l'organisation des méthodes de la diligence et de la manière de servir des personnels. Le rapport de l'inspection générale des Services Judiciaires comporte toutes les suggestions propres à accroître le rendement et l'efficacité des juridictions.

La direction des affaires arabes aura la responsabilité de : 

• mener des recherches sur les différentes sources des droits coutumier et musulman, notamment les textes législatifs et réglementaires, les coutumes, la jurisprudence ainsi que la doctrine
• de collecter les différentes sources et de les mettre en valeur
• de développer les relations entre le ministère de la justice et les départements juridiques et judiciaires du monde arabo-musulman.

La direction des affaires arabes est divisée en deux services :

• un service chargé de la collecte, de la promotion et des recherches sur les droits d'origine musulmane et coutumière
•  dun service chargé de la traduction.